ачавшаяся в 1558 году Ливонская война отразилась на жизни в Падизе самым серьезным образом. В 1559 году Ливонский орден прекратил деятельность монастыря, а его главное здание превратил в крепость. Летом следующего года герцог Магнус, купивший к этому времени титул епископа Таллиннского, потребовал, чтобы орден передал ему и Падизеский монастырь.
В ситуации военного положения собравшемуся в Пярну Ливонскому ландтагу (6.8.1560) не оставалось ничего, кроме как пообещать, что орден отдаст Магнусу Падизеский монастырь и аббатство в течение месяца.
Однако вскоре события приняли совсем другой оборот, и Падизе так и не передали Магнусу. В Иванов день 1561 года в Таллинне обосновались шведы, которые 8 сентября захватили Падизе и одновременно – землевладения Кейлаской мызы. Бывший монастырь стал важным опорным пунктом шведской власти в Западной Эстонии, а монастырские землевладения превратили в Падизеский лен, управлять которым от имени короля стал фогт. Начался шестидесятилетний период, который на пять лет прервали русские, захватившие Падизе (20.2.1576–28.12.1580).
