
ärast Jüriöö ülestõusu, arvatavasti selle kordumise kartuses, ehitati klooster üles erandlikult linnuselaadse kindlustatud hoonekompleksina, mille vare on säilinud tänaseni.
ärast Jüriöö ülestõusu, arvatavasti selle kordumise kartuses, ehitati klooster üles erandlikult linnuselaadse kindlustatud hoonekompleksina, mille vare on säilinud tänaseni.
Jüriöö-järgne kloostri peahoone püstitati kloostritele tavapäraselt ümber ruudukujulise siseõue paigutatud nelja hoonetiivana – klausuurina. Erinevalt tavakloostritest, kus hoonetiibade hulgast tõusis suuremana ja uhkemana esile risthoone ja altariruumiga ning külglöövidest kõrgema kesklööviga kirik, moodustasid neli hoonetiiba Padisel hoopis kuubikujulise linnuselaadselt suletud kompleksi. See meenutab nii välimuselt kui ruumide paigutuselt pigem Saksa rüütliordu või selle kohaliku haru – Liivi ordu – linnuseid: nn konvendihooneid. Kuubikujulisest klausuurist ulatus lõuna suunas välja Jüriöö-eelne pikk kivihoone, mis integreeriti uude hoonekompleksi. Kiriku olemasolu põhjatiivas reedavad väljast vaadates vaid ülejäänutest suuremad raidkividest raamidega aknad. Kogu neljakandilist klausuuri kroonis laskeavadega rinnatisega varustatud kaitsekäik ning kirdenurgal on siiani säilinud Tallinna Toompea linnuse Pilstickeri nimelise torniga äravahetamiseni sarnane ulgtorn (ešogett-torn). Kiriku lääne- ja idaviilu tipus asusid väiksed haritornid, millest on säilinud vaid neid kandnud konsoolid. Haritornides olid arvatavasti kellad ning neid kasutati ka vahipidamiseks. Kogu hoonekompleksi välja ehitamine kestis vähemalt sada aastat. Teada on, et kirik pühitseti alles 1448. aastal. Hiljem lisati klausuuri põhja- ja idaküljele vallide, müüride ja kraaviga ümbritsetud eeshoovid. Neist on maa peal säilinud vaid ümmargune suurtükitorn. Kiriku kõrval, põhja-eeshoovis asus ilmselt munkade kalmistu.
Kuubikujulisest klausuurist lääne, st jõe poole ehitati eraldi eeshoov, mille kummaski otsas paiknes massiivne neljakandiline torn. Põhjapoolne neist oli ühtlasi väravatorniks – kloostri peasissepääsuks. Selles paiknes kolm tõstesildadega varustatud väravat – kaks väiksemat jalakäijatele ning üks suurem hobustele ja vankritele. Väravakäiku sisse astudes paremat kätt jäid ilmselt valveruumid. 2010. aasta arheoloogiliste uuringute käigus leiti väravatorni keldrist ilma usteta ruum, mis oli ilmselt kloostri vangikong või kartser, mis kindlasti pidi olema igas kloostris, kuid on harva arhitektuurselt äratuntav. Väravakäigu peal asus suur uhke võlvitud ruum, mida on pikka aega arvatud kabeliks, kuid mis tõenäoliselt oli pigem abti residents. Kloostrit juhtisid kaks oma ametikohale valitud munka – abt ja prior. Prior tegeles eeskätt kloostri siseelu küsimustega, kuid abt välissuhtlusega. Seetõttu oli abtil väljaspool klausuuri asuv residents, mis pidi olema piisavalt esinduslik, et kloostri kõrgest soost külalisi, piiskoppi või maaisandat – Padise puhul ordumeistrit või Tallinna komtuuri – vastu võtta. Kohustusliku elemendina kuulus abti ruumide juurde ka esinduslik lai trepp. Padisel pääseb sellist treppi mööda lääne-eeshoovist väravapealsesse ruumi ka praegu, ilma et peaks klausuuri läbima. Lääne-eeshoovist lõuna pool olnud neljakandilise torni peakorruse suures ruumis reedavad tahmunud mantelkorstna jäänus ja hiiglaslik paekivist äravooluga valamu, et tegemist oli köögiga.
Padise kloostrikirik ehk nagu tsistertslased neid nimetasid – oratoorium – ehitati erinevalt tüüpilistest tsistertslaste kloostrikirikutest väga lihtsa kastikujulise ruumivormi ja nelja võlviga ehitisena. See meenutab pigem Haapsalu Toomkirikut ja mitmeid Lääne-Eesti ja saarte maakirikuid. Tsistertslaste kloostrikirikud olid võrreldes paljude keskaegsete kirikutega suhteliselt lihtsad ehitised: kuigi üldjuhul oli tegemist basiilikatega, ei näinud nende askeetlikud ehitustavad ette massiivset torni, keerulisi raidkiviskulptuure ja värvilisi vitraažaknaid. Ometi on kõige tähelepanuväärsemaks elemendiks Padise kirikus raidraamidega akende kõrval võlve kandvate raidkivikonsoolide reljeefsed kaunistused. Konsoolidel on kujutatud mitmeid tavalisi ja fantastilisi loomi nagu jänes, hunt, ahv, siga, lõvi ja ükssarvik, kes kujundlikult esindavad inimlikke kiusatusi hea ja kurja vahelises võitluses. Samuti on seal geomeetrilisi kujundeid ja habemega vanamehi. Viimaseid peetakse tsistertslaste ordu ülesehitaja püha Bernardi kujutisteks. Reeglina oli tsistertslaste oratoorium jaotatud võre või vaheseinaga kaheks osaks: ida pool koorimungad ja lääne pool ilmikvennad ja ilmalikud isikud. Oletatakse, et suur puust kahelt poolt, st eest ja tagant maalitud krutsifiks, mis kuni nõukogude ajani paiknes Risti kirikus ning praegu on eksponeeritud Tallinna Niguliste kirikus, paiknes algselt Padisel just sellise võre kohal.
Sisehoovist klausuuri peakorrusele, täpsemalt kirikusse pääseb täna vaid kitsa müüritrepi kaudu kiriku seinas. Algselt ühendas see ilmselt vaid ristikäikude kahte korrust. Kirikusse pääses kahe hoovi eri nurgas paikneva geomeetrilise raidkivist portaali kaudu. Kahe portaali süsteem pärineb tsistertslaste ordu varasemast perioodist, kui kloostrites elas kõrvuti kaks kogukonda – koorimungad ja nn ilmikvennad, kes pidid olema üksteisest füüsiliselt eraldatud ning isegi kirikusse sisenema eri portaalide kaudu.
Ilmikvennad elasid tüüpiliselt läänetiivas ning sisenesid kirikusse läänepoolse portaali kaudu. 14. sajandil, Padise klausuuri ehitamise ajaks, oli ilmikvendade hulk tsistertslaste kloostrites drastiliselt vähenenud, kohati olid nad täiesti kadunud. Seetõttu on võimalik, et Padisel ei olnud kunagi ilmikvendi ning läänepoolset portaali kasutasid ilmselt need vähesed ilmalikud isikud, kes said kloostrikirikut külastada.
Peakorruse ülejäänud ruumide kloostriaegse funktsiooni selgitamine ei ole nii lihtne kui kiriku puhul. Kirjalikke allikaid ruumide kasutuse kohta ei ole ning ruumide endi arhitektuur ei anna ka ühemõttelisi vastuseid. Kõige olulisemad ruumid paiknesid kloostris reeglina idatiivas. Kirikuga külgnev väike ruum oli ühemõtteliselt käärkamber. Järgnevate ruumide kloostriaegne funktsioon on vaieldav. Praegu on idatiivas võimalik liikuda ukseavade kaudu ruumist ruumi, kuid kloostri ajal olid kõik ruumid ligipääsetavad vaid ükshaaval ristikäigust. Tüüpiliselt paiknes kloostrites käärkambri kõrval koorimunkade koosolekusaal – kapiitlisaal. Järgmine väiksem ruum võis olla parlatoorium – sisuliselt priori ametiruum, kus ta vestles munkadega ja jagas tööülesandeid. Tsistertslased taunisid tühja loba ning hindasid vaikust. Suures osas kloostrist ei olnud rääkimine ette nähtud. Isegi vajalikud vestlused tuli ära pidada parlatooriumis, mis oligi rääkimise ruumiks – selle nimi nagu ka sõna parlament tuleneb ladinakeelsest sõnast „rääkima“. Tsistertslased, nagu ka mõned teised mungaordud kasutasid omalaadset käemärkide süsteemi üksteisele lihtsamate sõnumite edastamiseks vaikuses.
Klausuuri lõunatatiivas, kus praeguseks on laed varisenud, paiknes suur kolme võlvi ja laiade, päiksepoolsete akendega hästi valgustatud saal. See võis olla munkade nö päevaruum, Munkade magamissaal – dormitoorium – asus kloostrites traditsiooniliselt idatiiva ülakorrusel, kapiitlisaali peal. Kuna kogu idatiivas ei ole Padisel leitud jälgi küttesüsteemist, siis ei ole kindel, kas Padise mungad said meie kliimas endale seal ülal magamist lubada.
Klausuurist lõuna suunas välja ulatuva Jüriöö-eelse hoone peakorrusele ehitati arvatavasti munkade söögisaal – refektoorium, mis on praeguseks täielikult hävinud. Väiksem ruum kahe saali vahel oli köök. Laialt tuntud on fakt, et askeetlikud tsistertslased ei tohtinud oma algse korra järgi üldse süüa liha, mistõttu nende toidulaual oli tähtsal kohal kala. Padise kloostri asutamise ajaks, 14. sajandiks – oli seda reeglit siiski järk-järgult lõdvendatud, sest kogemus näitas, et ka muus osas ühekülgse ja vähese toidu tõttu ei pidanud mungad kloostrites kuigi kaua vastu ning surid noorelt. Hiljutised arheoloogilised kaevamised tõid Padisel päevavalgele hulganisti nii looma-, sea- kui lambaluid, mistõttu on selge, et liha siin söödi.
Erinevalt tavalistest kloostritest, kuid tüüpiliselt Saksa rüütliordu linnustele, paikneb Padise klausuuri peakorruse all keldrikorrus. Enamus klausuuri keldreid olid ilmselt toiduainete laoruumid, mis tavakloostrites paiknesid väljaspool klausuuri. Läänetiiva keldris paiknes erandlikult köök, millele osutavad mantelkorstna jäänused. Seal on seina sees säilinud ka omapärane, kahelt korruselt – kahest köögist – ligipääsetav kaev. Kiriku idaotsa all paikneb ilus kaheksatahulise kesksamba ja nelja võlviga ruum, mis ainsa keldrina oli kasutusel sakraalruumina. Tegemist oli kabeliga, kus arvatavasti paiknesid erinevatele pühakutele pühitsetud kõrvalaltarid, mis Padise väiksesse kloostrikirikusse ära ei mahtunud. Ruumi põrandas on säilinud ühe ja markeeritud teise altari vundament. Mitmel seinal on ülal võlvi all näha krohvi sisse uuristatud ratasristi, mis olid katolikuaegsele sakraalruumile omased maalitud pühitsusristid, millelt värv on küll ammu täielikult lahkunud.
Lääne-eeshoovist pääseb kloostri südamesse – klausuuri sisehoovi – järgmise kindlusliku värava kaudu. See oli varustatud langevõrega, millele osutavad püstšahtid kahel pool väravat. Klausuuri väravakäigus vasakut kätt väikse ukseava taga on väike pime kambrike, kus kunagi paiknes kirikut kütnud keskküttesüsteem – kerishüpokaustahi. Paremat kätt väikse ukse kaudu pääses läänetiiva ruumidesse. Klausuuri väravakäigust sisehoovi astudes ei meenuta miski esmapilgul kloostri sisehoovi: puuduvad tüüpiliselt sisehoovi ümbritsevad galeriid – ristkäigud ning sümmeetriliselt ja dekoratiivselt kujundatud vähese haljastusega aed, mis on ette nähtud munkadele vaikivaks mõtluseks. Hoovi ümbritsenud ristkäigud on täielikult hävinud, välja arvatud kolme ruudukujulise tahutud piilari köndid sisehoovi kagunurgas. Ristikäikude kunagisest kujust saab siiski kergesti aimu, sest nende kahe korruse võlvikaarte süvendid on hoovi seintel jälgitavad. Keldrikorruse tõttu paiknevad Padisel kiriku portaalid mitu meetrit hoovipinnast kõrgemal, mistõttu oli vaja kahekorruselist ristikäiku. Säilinud on lääne-ristikäigu alaosa, sest see rajati Jüriöö-eelse hoone keldri sisse. Ida-ristikäigu seinas, kelderkabeli ukse lähedal paikneb seinas segmentkaarne nišš. See oli arvatavasti raamatukapp, sest tsistertslaste kloostrites paiknes see tüüpiliselt just sellises kohas.