ündmustest Padise kloostri ligikaudu kahe ja poole sajandi pikkuses ajaloos, igapäevaelust ja ehitusloost on kirjalike allikate põhjal teada äärmiselt vähe. Kroonikates on lakooniline teade, et Jüriöö ülestõusu käigus 1343. aastal tapsid harjulased kloostris 28 munka ning põletasid hooned. Traagilisi sündmusi enne Liivi sõda rohkem teada ei ole.
Jüriöö-eelne klooster ilmselt koosnes mitmetest väiksematest hoonetest, mis paiknesid laiali suuremal alal kui hilisem kindlusklooster. Enamus Jüriöö-eelseid hooneid oli arvatavasti puust. Suurema kivihoone jäänused on leitud hilisema klausuuri läänetiiva alt.
