astal 1558 alanud Liivimaa sõda tõi kaasa pöördelised sündmused ka Padisel. 1559. aastal lõpetas Liivimaa ordu kloostri tegevuse ning muutis selle peahoone kindluseks. Järgmise aasta suvel, pärast Tallinna piiskopitiitli ostmist, nõudis hertsog Magnus ordult endale ka Padise kloostrit. Pärnus kogunenud Liivimaa maapäeval ei jäänud sõjaolukorras (06.08.1560) muud üle kui lubada, et ordu loovutab Magnusele kuu aja jooksul Padise kloostri ja abtkonna. Peagi võtsid aga sündmused teise suuna ning Padise jäi Magnusele üle andmata. 1561. aasta jaanipäeval seadsid end Tallinnas Toompeal sisse rootslased, kes hõivasid 8. septembril Padise ning võtsid samal ajal üle ka Keila mõisa valdused. Endisest kloostrist sai tähtis tugipunkt Rootsi võimu laiendamisel Lääne-Eestis, kloostri maavaldustest aga loodi Padise mõisalään, mida asus kuninga nimel haldama ja majandama foogt. Algas kuus aastakümmet kestnud periood, mille Padise hõivanud venelased katkestasid ligi viieks aastaks (20.02.1576–28.12.1580).
