õukogude okupatsioon ja II Maailmasõda tõid kaasa muinsuskaitselise tegevuse allakäigu. Pikemaks ajaks katkenud konserveerimis- ja korrastustööd algasid taas 1955. aastate keskel. Vajaliku dokumentatsiooni koostamisele asuti 1954. aasta sügisel, tegelikud konserveerimistööd algasid 1956. aastal Rein Zobeli juhtimisel. Temaga liitus samal aastal Siberist asumiselt naasnud Villem Raam, kellest järgnevalt sai Padise uurimis- ja konserveerimistööde üldjuht.
Esmaste töödega püüti peatada varemete progresseeruvat lagunemist. Enne II Maailmasõda kaitses põhja- ja idatiiva katus, mis oli selleks ajaks samahästi kui hävinud. 1956. aastal ehitati põhja- ja idatiivale uued puitfermidel katused, mis kaeti eterniidiga. Traditsiooniliste katusekivide kasutamisest loobuti: need lisanuks müüridele suurema koormuse, samuti oli toonaste savikivide ilmastikukindlus vägagi küsitav.
Järgnevate konserveerimis- ja restaureerimistööde puhul rakendati metoodikat, mida oli kasutatud juba 1930. aastatel Pirital. Usutavasti oli valik pigem instinktiivne, sest ega mingeid muid eeskujusid esialgu ka võtta polnud. Informatsioon restaureerimistegevusest muus maailmas oli neil aastatel samahästi kui olematu. Samas oli lisandunud kogemus sellise lahenduse efektiivsusest: ligi kakskümmend aastat tagasi konserveeritud müürid olid säilinud üllatavalt hästi.
Lisaks katuste ehitamisele keskenduti esialgu nähtavate müürilõikude korrastamisele. Alustati töid kirikus, kus likvideeriti mõisa-aegsete ümberehituste pärandit ja taastati ka üksikuid ehituslikke sõlmi. Olgu veel kord toonitatud, et toona oli suur osa varemetest mattunud pinnasesse: sisehoovi nivoo ulatus põhjaküljel kiriku portaalide kõrgusele, täielikult olid varjatud lääne- ja lõunatiib (erandiks loomulikult lõunatiiva välissein) ning umbkaudu sama kõrgelt oli varjatud ka lääne-eeshoov. Järgnevalt hakati üksikute tsoonide kaupa välja puhastama kogu klausuuri ja sellega külgnevaid ehitisi. Algust tehti 1957. aastal väravatorni ja lääne-eeshooviga, kus tööd jätkusid 1960. aastani. Samal aastal alustati läänetiiva ja sisehoovi väljapuhastamist, järgnesid osalt lõunatiib, edelanurga oletatav kabelitsoon ja sellega läänes külgnev kaitseotstarbeline rajatis. Hooajalised kaevamised kestsid kuni 1969. aastani. Üldjuhul kaevati käsitsi, kuid kohati toimus pinnase eemaldamine ka ekskavaatoriga.
Ulatuslikele avamistele pidi kohe järgnema ka müüride konserveerimine. Muide, kloostri alal kasvas suuri puid, mille juurestik oli kohati müüristikku märkimisväärselt kahjustanud.
Konserveerimismetoodika oli sisuliselt sama, mida Rootsi spetsialistide juhendamisel oli kasutatud 1930. aastatel Pirital. Uudsena – taas küll Rootsi eeskujul – said madalamad müürid nõgusad betoonkatted, kuhu paigaldati murumättad.
Siiski tingis ka selline lähenemine kohati üksikute detailide taasehitamist. Pool sajandit hiljem tuleb tõdeda, et vahel on siin ka küsitavusi rekonstruktsiooni tõepärasuses. Näiteks kulgevad põhja- ja läänetiibade hooviküljel korrapäraste kilpkaarte read, mis selgelt osutavad ristikäigule.
Restaureerimistööde-eelsete fotode põhjal tekib kahtlus, et kilpkaarte taasloomisel oli peamiseks lähtekohaks teadmine, et ühes tsistertslaste kloostrid pidid võlvitud ristikäigud olema. Nii need ka ehitati, kusjuures läänetiiva kilpkaarte ladumiseks valmistati isegi spetsiaalne puidust raketis.
Konserveerimistöid hinnates tuleb arvestada ka toonaseid võimalusi. Eestis toodetud lubi oli madalakvaliteediline, mistõttu kasutati tsemendilisandiga segamörti. Aeg-ajalt toimus ehitamine südatalvel, mil müüre laoti tsementmördiga.
1950. aastate teisel poolel – veel enne Veneetsia Hartat (1964) – hakkas läänemaailmas levima uus restaureerimisprintsiip: uued lisandid ei imiteeri vanu, vaid on neist selgelt eristuvad. Kasutatakse nii kaasaegseid materjale kui ka konstruktsioone. Sellise uudse lähenemise pioneeriks Eestis oli R. Zobel. Padisele projekteeris ta 1961. aastal peaväravakäigu katteks kergelt kumera raudbetoonplaadi. Samuti valati raudbetoonplaat läänetiiva ühele lõigule kaitsmaks seal vägagi hästi säilinud hüpokaustahju.