adise varemete korrastustööd, mis 1980. aastatel katkesid on jätkunud taastatud Eesti Vabariigi ajal. Esmalt oli vajalik hinnata varasemate tööde efektiivsust. Paraku tuleb tõdeda, et 1950.–60. aastatel tehtud tööd pole sageli täitnud oma eesmärki. Kui võrrelda konserveerimistööde-aegseid fotosid tänapäevase situatsiooniga, siis selgub, et korrastatud tsoonide lagunemist ei ole suudetud peatada ja kohati on kaod vägagi suured. Sageli on hävinud just detailid (avade palendid ja sillused jmt), mis üldjuhul on palju kõnekamad kui lihtne müürimassiiv.
Õigustanud pole ka müüriharja kattev murumättaga betoonvann – sama kogemus on muide ka Piritalt ja Otepää linnuselt. Haljastus on siin täielikult hävinud. Põhjus pole tallamises, vaid kuumadel suvedel napib ahtas mullapinnas niiskust ning muru kõrbeb lihtsalt ära. Selline lahendus eeldab regulaarset hooldust (suvel igapäevane kastmine!).
Ebaõnnestunuks on osutunud ka raudbetoonist katted. Need on ilma niiskuskaitseta ja terasarmatuurid on hakanud roostetama, mistõttu väravakäigu betoonkoorik on juba avariiseisundis. Konstruktsiooni enda olukord pole aga peamine: plaadi asendamine uuega poleks ilmselt probleem. Küll on betoonist väljauhutud rohked soolad ulatuslikult ja pöördumatult kahjustanud väravakaare vasalemma marmorist originaalkive. Ka läänetiiva kohale paigaldatud katteplaat pole end õigustanud. Selle ülesandeks oli kaitsta hüpokaustahju, mis varjest hoolimata on tänaseks samahästi kui täielikult hävinud.
Taastatud Eesti Vabariigi ajal oli Padisel esimeseks suuremaks tööks läänehoovi nn. tornelamu alakorruse võlvi kindlustamine (ins. Heino Uuetalu). Järgnevate meetmetega on püütud võimalikult lihtsalt ja ühtlasi maksimaalselt efektiivselt kaitsta säilinud müüristikku: nagu öeldud, pole eelneva poolsajandi jooksul kasutatud lahendused end alati õigustanud. Seetõttu on peetud õigeks katta üksikud tsoonid autonoomsetele puittarinditele toetuvate katustega. Nii on loobutud ka igasugustest võltsillusioone tekitatavatest imitatsioonidest. Ühtlasi on siin järgitud tänapäevase restaureerimistegevuse üht olulist printsiipi: kunstiteose restaureerimise puhul kasutada võimaluse korral tagsipööratavaid protsesse. Nii saab vajaduse korral kasutatud meetmed (sealhulgas konstruktsioonid) vägagi väheste kahjude hinnaga eemaldada ja asendada mingi muu lahendusega.
2010.–2012. aastani viidi Padise kloostri konserveerimistööde edasiseks kavandamiseks ellu rahvusvaheline projekt koostöös Vantaa linnamuuseumiga, milles osalesid lisaks arheoloogidele tudengid ja teadlased Tallinna Ülikoolist ja Tartu Ülikoolist ning Helsingi Ülikoolist ja Turu Ülikoolist.
Seoses kloostrikompleksi konserveerimistöödega 2018.–2019. aastal ellu viidud projekti käigus tehtud arheoloogilise järelvalvega leiti kloostri kiriku põrandast kivist laotud tühjad hauakastid ning tõenäolise altarikoha. Kiriku laest avastati sinise ja punase maalingutriibuga krohvifragmente ning maalingutriipudest on jälgi ka vööndkaartel. Krüpti põrandast leiti üks matus.
